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기존 정책이슈별로 입안된 목적형 기관지원사업 중 대학원 수준 사업교수․연구자에 대한 연구과제 지원 방식으로 변경되고, 대학에는 소속 교수에 대한 연구과제 수혜에 따라 간접비가 지원된다. 

- 특히, 새정부는 창조적 연구역량 강화 및 연구현장에서의 연구비 수혜율 제고를 위해 개인․소규모연구 지원도 대폭 확대할 계획인 바(‘08.3.20 대통령업무보고), 앞으로 대학에 대한 연구비지원 규모는 크게 늘어날 것으로 전망된다.

▪ 개인․소규모 창의적 기초연구 투자규모

- 3,704억원(’08) → 6,000억원(’09) → 1.5조원(’12)

▪ 신진연구자(20~30대) 연구비 수혜율

- 18.6%(‘06) → 22%(’09) →25%(‘12)

학부 수준의 사업정보공시제와 연계한 포뮬러 지원 방식로 전환되고, 지원된 사업비는 교육인프라와 학생장학금에 사용토록 하여 학생선택에 의해 대학의 자율경쟁을 촉진하도록 하였다.

󰏚교육과학기술부(장관 김도연)는 대학의 자율성 확대와 재정운영의 효율성 제고라는 새 정부 고등교육 정책기조에 따라 대학 재정지원 사업체제와 핵심사업에 대한 개편 시안을 마련하고, 대학현장에 대한 의견수렴에 나섰다.

이번 재정지원 사업 체제 개편은 기존 사업들이 정부주도 평가에 의해 대학을 선정하고 기관 단위로 차등 지원함으로써 파생되었던 간접적 대학 통제의 문제를 극복하는데 그 주안점을 두었다.

특히, 기존 ‘기관 단위’의 재정지원 사업의 경우 투자 대비 성과측정이 모호하고, 대학별로 사업비가 나눠 먹기식으로 집행되는 한계가 있었다.

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